Beta-Defensine sind kleine, 33 – 47 Aminosäuren lange Peptide. Sie kommen in allen tierischen Organismen und höheren Pflanzen vor und dienen der Abwehr von mikrobiellen Erregern - vor allem Bakterien, aber auch Pilzen und Toxinen. Beim Menschen findet man sie zahlreich auf Haut- und Schleimhautoberflächen. Sie werden endogen von der Schleimhaut gebildet und sind Bestandteil des angeborenen Immunsystems. Die Bedarfssteuerung der Defensin-Bildung obliegt der wandständigen Darmflora, die mit der Darmschleimhaut kommuniziert und die Produktion direkt reguliert. Bereits mikromolare Konzentrationen reichen aus, um Bakterien, Pilze (z.B. Candida), Viren (z.B. Herpes) und Protozoen (z.B. Giardia lamblia) effektiv abzutöten. Beta-Defensine spielen neben dem sIgA die entscheidende Rolle in der Gewährleistung der Kolonisationsresistenz der Darmschleimhaut und sind ein Garant für die physiologische Immuntoleranz und Aufrechterhaltung der intestinalen Mukosabarriere. Erniedrigte Werte weisen deutlich auf eine Abnahme der Kolonisationsresistenz und auf eine Permeabilitätserhöhung der Darmschleimhaut (siehe auch: Leaky-Gut-Syndrom) hin. Auffallend ist der deutliche Mangel von Beta-Defensin bei Morbus Crohn sowohl in der Remissions- als auch akuten Schubphase. Bei der Colitis ulcerosa werden meistens normale Defensinmengen nachgewiesen.