Die aeroben Keime übernehmen wichtige Aufgaben im Aufbau der Darmflora. Durch ihren Sauerstoffverbrauch und die Absenkung des Redoxpotentials wird das Überleben anaerober Bakterien erst möglich.

Escherichia coli ist das bekannteste Darmbakterium. Es wurde 1885 zum ersten Mal von dem Kinderarzt Theodor Escherich beschrieben und Anfang der 50er Jahre ihm zu Ehren als Escherichia coli benannt. Die Gattung Escherichia gehört zur Familie der Enterobacteriaceae, einer Gram-negativen Bakteriengruppe (klassische Einteilung nach Färbbarkeit), die vorwiegend im Darm von Menschen und Tieren zu finden ist.

E. coli übernimmt wichtige Aufgaben in der Kolonisationsresistenz (verhindert die Besiedelung mit pathogenen Keimen), der immunologischen Schulung im Darm und der Ernährung der Mukosazellen.

Auch Enterococcen gehören zu obligaten Flora. Über ihre Stoffwechselprodukte säuern sie den Stuhl an. Sie wirken jedoch weniger immunogen als E. coli.

Weiterhin gehören zur aeroben Darmflora neben sonstigen Enterbacteriaceae folgende Keime: Proteus sp., Citrobacter spp., Klebsiella sp., Pseudomonas sp. Diese Keime gehören zu den passageren Keimen, d.h. gelangen mit der Nahrung in den Darm und übernehmen keine besonderen Aufgaben, können in Einzelfällen sogar schädlich sein.