Faecalibacterium prausnitzii ist ein unbewegliches Darmbakterium, das über seine Stoffwechselprodukte ganz wesentlich zur Gesundheit der Darmschleimhaut beiträgt. Faecalibacterium lebt vorwiegend in der Schleimschicht auf der Mukosa. Dort produziert das Bakterium durch Fermentation von Ballaststoffen und Kohlenhydraten kurzkettige Fettsäuren wie Buttersäure, Milchsäure und Ameisensäure.

Die kurzkettigen Fettsäuren, insbesondere die Buttersäure haben einen antientzündlichen Effekt auf den Darm, da sie die Produktion von regulatorischen T-Zellen (TRegs) induzieren. Diese Zellen sind notwendig, um aggressive Bestandteile des Immunsystems in Schach zu halten. Ein Mangel an Faecalibacterium prausnitzii führt zu einer verminderten Schleimschicht auf der Mukosa und zu durchlässigeren Tight junctions zwischen den Zellen (Leaky-Gut-Syndrom). Hier können dann Bakterien eindringen und Entzündungen hervorrufen oder aufrechterhalten. Akkermansia muciniphila lebt ebenfalls in der Mucinschicht auf der Mucosa. Dieser Keim hat zwei wichtige Aufgaben an dieser Stelle: Zum einen baut er Mucine ab und liefert dadurch Nahrung für Faecalibacterium prausnitzii. Zum anderen wird durch den Abbau der Mucine die Nachproduktion von Darmschleim angeregt und damit die Versorgung des Darmepithels verbesssert.